知名的免费期刊信息分析平台 SCImago 公布了 2012 年全球 3290 所研究所和大学的论文排行时榜。其中中科院位列第二，清华大学排名第十，在论文数前 100 的研究机构中，中国占了 14 席。

该榜单数据来自 2006 年至 2010 年被 Scopus 收录的论文（因计算引用率需参考发表后两年的数据，故截止 2010 年）。包含的大学，研究所和企业研究院均在 2010 年发表了超过 100 篇被 Scopus 收录的论文。

总文章数排名前 50 
WR 机构中文名 Organization 论文总数

1	法国科学院	Centre National de la Recherche Scientifique	202854
2	中国科学院	Chinese Academy of Sciences	146577
3	俄罗斯科学院	Russian Academy of Sciences	92898
4	哈佛大学	Harvard University	74488
5	德国马克思普朗克研究所	Max Planck Gesellschaft	51893
6	东京大学	University of Tokyo	49529
7	美国国立卫生研究院	National Institutes of Health United States	47684
8	多伦多大学	University of Toronto	47613
9	西班牙科学研究高级委员会	Consejo Superior de Investigaciones Cientificas	46048
10	清华大学	Tsinghua University	45325
11	圣保罗大学	Universidade de Sao Paulo	44619
12	密歇根大学安娜堡分校	University of Michigan, Ann Arbor	44345
13	约翰霍普金斯大学	Johns Hopkins University	42929
14	加州大学洛杉矶分校	University of California, Los Angeles	42886
15	浙江大学	Zhejiang University	41635
16	美国退伍军人事务医疗中心	Veterans Affairs Medical Centers	41384
17	华盛顿大学	University of Washington	40510
18	法国国家卫生和医学研究所	Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale	40210
19	美国联盟医疗体系	Partners HealthCare System	40111
20	斯坦福大学	Stanford University	39268
21	意大利国家研究理事会	Consiglio Nazionale delle Ricerche	38885
22	巴黎公共援助医院	Assistance Publique Hopitaux de Paris	37964
23	上海交通大学	Shanghai Jiao Tong University	37207
24	中国科学院大学	University of Chinese Academy of Sciences	37061
25	伦敦大学学院	University College London	36717
26	京都大学	Kyoto University	35398
27	皮埃尔和玛丽·居里大学	Universite Pierre et Marie Curie, Paris 6	35354
28	宾夕法尼亚大学	University of Pennsylvania	35045
29	牛津大学	University of Oxford	34815
30	剑桥大学	University of Cambridge	34655
31	哥伦比亚大学	Columbia University	34191
32	加州大学伯克利分校	University of California, Berkeley	33633
33	加州大学圣地亚哥分校	University of California, San Diego	32912
34	中国教育部	Ministry of Education of the People's Republic of China	32876
35	威斯康星大学麦迪逊分校	University of Wisconsin, Madison	32420
36	北京大学	Peking University	32146
37	英属哥伦比亚大学	The University of British Columbia	31848
38	伦敦帝国学院	Imperial College London	31402
39	匹兹堡大学	University of Pittsburgh	31321
40	康奈尔大学	Cornell University	31301
41	宾夕法尼亚州立大学	Pennsylvania State University	31288
42	明尼苏达大学双城分校	University of Minnesota, Twin Cities	31285
43	佛罗里达大学	University of Florida	31060
44	哈尔滨工业大学	Harbin Institute of Technology	30931
45	大阪大学	Osaka University	30872
46	麻省理工学院	Massachusetts Institute of Technology	30281
47	美国农业部	United States Department of Agriculture	30160
48	东北大学	Tohoku University	29737
49	杜克大学	Duke University	29442
50	加州大学戴维斯分校	University of California, Davis	29268

论文数前100的研究机构中国占14位 WR 机构中文名 Organization 论文总数

2	中国科学院	Chinese Academy of Sciences	146577
10	清华大学	Tsinghua University	45325
15	浙江大学	Zhejiang University	41635
23	上海交通大学	Shanghai Jiao Tong University	37207
24	中国科学院大学	University of Chinese Academy of Sciences	37061
34	中国教育部	Ministry of Education of the People's Republic of China	32876
36	北京大学	Peking University	32146
44	哈尔滨工业大学	Harbin Institute of Technology	30931
55	华中科技大学	Huazhong University of Science and Technology	27923
89	复旦大学	Fudan University	20321
90	四川大学	Sichuan University	20284
98	西安交通大学	Xi'an Jiaotong University	19703
99	吉林大学	Jilin University	19697
100	武汉大学	Wuhan University	19513

290 所研究所和大学的完整榜单，点击下载：Download SIR World Report 2012

名词解释：

O: Output - 在 Scopus 收录的期刊上发表的论文总数。
IC: International Collaboration - 国际合作的文章百分比。
NI: Normalized Impact - 归一化因子。 平均水平是1，大于1则高于平均水平，小于1则低于平均水平。
Q1: High Quality Publications - 高水平论文百分比（发表在 SCImago 认为的排名前 25% 的期刊的文章的百分比）。
Spec: Specialization Index - 多样性因子，越是靠近1研究领域越是窄。
Exc: Excellence Rate - 优秀论文率，被引用数排名前10%的文章百分数。
Leadership: Scientific Leadership - 通讯作者率（以通讯作者参与发表的文章数）。